Манастир Пустиња је српски средњовековни манастир који припада Епархији милешевској Српске православне цркве, налази недалеко од Пријепоља.
На простору Велике Жупе обновљена су, највероватније у 15. или 16. веку два манастира: Житин и Пустиња. Први је у долини реке Грачанице у месту званом Луке. Ктитор и храмовна слава нису познати као ни тачно време градње нити када је порушен. Може се претпоставити да је посвећен Благовестима јер се народ, раније, тог дана окупљао у манастирским рушевинама. Обичај је обновљен последњих година. Основне податке о манастиру први је саопштио Милан Кашанин, а исцрпније, у наше време, Марко Поповић. То је једини манастир у долини Лима који нигде није поменут на маргинама црквених књига. Срећна околност је што материјал са њега, по урушењу, због неприступачности, нигде није одношен те би, будућа детаљна истраживања дала одговоре на многа питања везана за манастир.
Други манастир, у народу познат као Пустиња, налази се у клисури Карошевске или Пустињске реке, некад звате Светачица. Поменут је у турском попису Пријепољског кадилука 1572. године као манастир св. Симјона (Симеона столпника). Манастиру је сада храмовна слава Св. Петар и Св. Павле. Приликом обнове манастира извршена су делимична археолошка истраживања. У црквеним књигама из прве половине 20. века великожупски парохијани воде се при храму Св. Петра у Пустињи што значи, да до изградње цркве у Великој Жупи, овај манастир има улогу парохијске цркве.